A Copa Airlines foi fundada em 1947 como Compañía Panameña de Aviación, a companhia aérea nacional do Panamá. Em 1980, a companhia aérea abandonou o mercado interno para se concentrar no alcance internacional e é, hoje em dia, uma empresa latino-americana líder em transporte de passageiros e cargas.
Em 1998, foi formada uma aliança estratégica com a Continental Airlines e, em 1999, foi lançada a sua nova imagem como Copa Airlines e foi adoptado o programa de passageiro frequente OnePass®. Em 2005, a Copa Airlines, uma filial da Copa Holdings S.A., começou a ser negociada na Bolsa de Valores de Nova Iorque, tornando-se a terceira companhia aérea latino-americana a ser cotada nesta importante bolsa.
A Copa Airlines serve os principais destinos da América do Norte, Central e do Sul e Caraíbas, tendo uma das frotas mais recentes e modernas da indústria, com aeronaves Boeing 737NG e Embraer-190.
A Copa lançou recentemente o seu website para telemóvel, m.copaair.com, tornando-se a primeira companhia aérea da América-Latina a fornecer aos passageiros a possibilidade de utilizarem cartões de embarque electrónicos.